La Academia Dominicana de la Historia fue creada mediante el Decreto núm. 186 del 23 de julio de 1931. Con el objetivo primordial de conocer y estudiar el pasado en general, y principalmente el de la nación dominicana.
Se componía originalmente de los siguientes miembros: Adolfo Alejandro Nouel Bobadilla, Américo Lugo Herrera, Federico Henríquez y Carvajal, Manuel Ubaldo Gómez, Cayetano Armando Rodríguez, Manuel de Jesús Troncoso de la Concha, Arturo Logroño Cohén, Max Henríquez Ureña, Emilio Prud’Homme Maduro, Leónidas García Lluberes, Emilio Tejera Bonetti, Alcides García Lluberes y Ramón Emilio Jiménez. De todos ellos, Américo Lugo Herrera, Leónidas García Lluberes y Alcides García Lluberes no aceptaron tal designación.
La Academia funcionó originalmente en la antigua Capilla de la Soledad, al lado de la Iglesia de las Mercedes. En 1992, su sede fue trasladada al local actual, Casa de las Academias, calle Mercedes No. 204, Ciudad Colonial de Santo Domingo, que es un edificio de finales del siglo XIX, donde residió el presidente Ulises Heureaux. Posteriormente funcionaron ahí la Receptoría General de Aduanas, y posterior a ésta, la primera sede del Banco Central, cuando éste fue creado en 1947.
En 1996, mediante Decreto núm. 504-96, el Poder Ejecutivo modificó algunos artículos del Decreto núm. 186 de 1931 y en el 2002 fue dictado el Decreto núm. 972-02 que establecía un nuevo Reglamento Orgánico de la Academia Dominicana de la Historia.
El 10 de febrero de 2014, el presidente Danilo Medina dictó el Decreto núm. 42-14, que establece los nuevos Estatutos de la Academia Dominicana de la Historia que sustituyen el anterior Reglamento y que son los que están vigentes en la actualidad.
Desde su fundación la Academia Dominicana de la Historia ha publicado 124 libros y su revista Clío con 192 números a la fecha, con una periodicidad semestral.